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真菌性角膜潰瘍治療以抗真菌藥物為主，常用0.25%二性霉素B（該藥球結膜下注射易致結膜壞死，臨床要特別注意）、金褐霉素眼膏、制霉菌素眼膏及10%大扶康、1%咪康唑、1%克霉唑等每日3-4次點眼，并全身應用抗真菌藥。皮質類固醇無論全身或局部單獨使用均屬禁忌，由于本病多引起虹膜炎，須經常注意散大瞳孔。

穿透性角膜移植術是近年比較肯定的手術治療方法，其適應癥主要是藥物治療無效，或角膜潰瘍穿孔，發生眼內容物脫出或繼發青光眼等嚴重并發癥，為挽救眼球而采取的一種搶救性手術，由于真菌菌絲可垂直生長，加上真菌毒素、蛋白分解酶及可溶真菌的抗原作用，真菌菌絲可向深部生長，甚至侵入眼內，手術難以清除干凈眼內的真菌，故術后常出現復發。因此對無手術適應癥者，強調先行抗真菌藥物治療。

中醫認為本病多因濕熱所致，治療時要分辨濕熱的偏重，選用清熱祛濕藥，常用的方劑有磙濕湯、甘露飲等。此外，還采用中藥熏洗或霧化治療。